背景
猪的破坏破坏在其健康与生长中发挥了关键作用。然而，现有的基因目录覆盖有限，尤其是在基因注释和物种多样性方面。为了弥补这一不足，论文通过高深度的宏基因组下一步，构建了可扩展的猪破坏基因和宏基因组目录，以深入了解猪破坏对破坏的影响。
摘要
通过对787个样本的高深度测序，本研究构建了一个包含超过1700个基因的扩展猪破坏基因目录（PIGC），以及6339个宏基因组重组基因组（MAGs）。研究发现，野猪和养殖猪的破坏菌群组成显着不同，特别是在功能基因方面。本研究还确定了猪破坏菌群的核心菌群和功能潜力。
结果
1.扩展的构建基因目录的构建流程
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- 研究通过整合来自不同年龄、性别、品种和破坏部位的样本，构建了一个新的猪破坏基因目录（PIGC），对物质基因进行了相应的分析，得到PIGC100、PIGC90和PIGC50基因集，分别表示100 %、90% 和 50% 的对比度。
2.深度和样本来源对基因内容的影响
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- 分析显示，追溯深度对基因捕获的数量有显着影响，特别是豚鼠的样本来源（如野猪样本）显着提升了基因目录的相关内容。此外，不同样本来源（如桥梁、盲肠等）的基因内容也有显着差异。
3.核心细菌群及其功能潜力
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- 本研究确定了猪破坏中的核心细菌，即在90%的样本中检测到的菌群，包括19个门、234个属和254个种。这些核心菌群在猪破坏中的丰度占所有注释中的92.29%，表明其在破坏生态中的重要性。
4.宏基因组聚合基因组（MAGs）的分类和系统发育分析
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- 通过787个样本的深度测序，研究重建了6339个宏基因组，这些基因组被后来为2673个物种水平的基因组箱（SGBs），其中86%为整个物种。通过基因组数据，研究揭示了与猪肠的关系道健康相关的关键功能基因及途径。
5.野猪与杜洛克猪破坏破坏的比较
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- 研究比较了野猪与杜洛克猪破坏的组成，发现野猪破坏菌群的多样性在养殖猪中显着。特别是某些细菌，如野猪中富集的拟菌和双歧菌，而普氏菌和乳酸菌在养殖猪中更为丰富。这些差异可能与饲养方式和饮食有关。
6.不同破坏位置的菌群功能比较
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- 研究还分析了小肠、盲肠和肠道中的微生物功能基因的差异，发现某些基因在不同位置的表达量显着不同，反映了不同部位的特定生理需求。例如，肠道中的肠道菌属丰富，而在盲肠中凸起的痂产丁酸菌。
结论
本研究通过对787个样本的宏基因组测序，构建了迄今为止最全面的猪破坏破坏基因目录，显着扩展了对猪破坏破坏的认识。研究揭示了不同的饲养方式（野猪与养殖猪）和破坏不同部位对菌群组成和功能的影响，这为理解猪的破坏破坏与健康和生产性能的关系提供了重要参考。
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